中央基层预算单位综合财政管理是公共财政管理的重要组成部分，实施和加强中央基层预算单位的综合财政管理，对促进中央基层预算单位国有资产管理、预算管理和财务管理的规范化、科学化、精细化和信息化，保障中央基层预算单位预算资金和国有资产安全完整、合理配置和有效利用，建立符合公共财政要求的行政事业单位财政管理体制都具有重要的意义。
专员办对中央基层预算单位实施综合财政管理应做好四个方面的工作，一是要坚持资产管理、预算管理和财务管理相结合，通过对预算编制和执行情况的监督，反映中央基层预算单位履行职能合法合理的财政资金需求；通过资产管理，反映其资产使用状态和价值；通过财务管理，反映其核算的真实性、合法性和有效性；二是要建立健全综合财政管理的制度体系，进一步梳理财政部对专员办实施综合财政管理的各项授权，从资产管理、预算管理和财务管理三个方面完善制度，形成统一、完整的制度体系；三是在建立比较完善制度体系的基础上，开展对中央基层预算单位综合财政管理试点工作；四是要处理好对中央基层预算单位专项检查和综合财政管理的关系，综合财政监管要做到统一处室、统一制度、统一标准，对涉及中央收入、中央支出以及其他专项监管事项的，可以整体纳入综合财政监管范围内实施监管，以提高工作效率和质量。
